Gephi是一款开源的免费网络分析软件，Gephi是一款开源的网络分析和可视化工具，旨在帮助用户更好地理解复杂的关系数据。它可以帮助用户处理各种形式的数据，包括社交网络、生物网络、传播网络等。通过直观、交互式的图形界面，用户可以对网络进行可视化和分析，发现网络中的结构、群体、关键节点等重要信息。Gephi既适合专业的数据科学家和网络分析师使用，也适合新手用户探索网络数据分析的基础知识和技能。它支持多种网络图形布局算法，包括力导向布局、环形布局、树形布局等，可以根据数据的特征自动选择合适的布局方案。此外，Gephi还可以通过颜色、大小、形状等方式展示节点和边的重要性、属性、变化等信息，为用户分享丰富的视觉化效果。
Gephi 软件特色
快速： 通过内建的OpenGL引擎，Gephi可以适应大型网络要求。可视化网络可达到上百万个元素。所有操作(比如布局、过滤、拖拽)都可以实时完成。
简单： 上手简单快速。Gephi的UI以可视化为中心，类似图片处理工具Photoshop。
模块化： 可以通过插件扩展。图形架构基于Netbeans平台构建，可以通过API扩展和重用。
应用场景
探索性数据分析：直观的网络操作实时分析。
链接分析：给出了关联对象背后(特别是无标度网络下)的结构。
社交网络分析：可以轻松创建对应社区组织和小世界(small-world)的社交数据链接。
生物网络分析：展示生物数据模式。
可度量
中心展示： 用社会学表示节点的连接状态。包括：度数(幂律)、介数和亲密感。
更多信息：密度、路径长度、直径、点击率、模块化和聚类系数。
技术
人机工程：基于NetBeans UI
高性能：内建3D渲染引擎。
本地文件格式：GDF(GUESS)、GraphML(NodeXL)、GML、NET(Pajek)GEXF等等。
插件定制：布局、度量、数据源、操作工具、渲染预设等等。
Gephi 操作说明
数据处理
以CSV格式文件为例：
边文件（(edge)：前两列为节点ID，另一列为相关系数。
节点文件(node)：一列节点ID，一列节点类型
导入数据
当然你要打开Gephi。【文件】→【打开】选择文件，在点击下一步的同时注意一下每个参数的含义是不是你要表达的意思。分别导入节点文件与边文件。
输入第二个文件时 注意：
设置布局样式
Gephi分享多种布局方式，一般圆形网络图选择”Fruchterman Reingold”布局格式。点击【运行】，等布局稳定后，点击 【停止】，生成圆形布局的网络图。
网络拓扑参数计算
点击【窗口-统计】面板，分别点击 【运行】-【关闭】当然你也可以选择打印、复制，保存，最终你还是要选择关闭。进行以下6个拓扑参数的计算:平均度、网络直径、图密度、模块化、平均聚类系数、平均路径长度。
注：对于无向网络图，平均度和平均加权度 数值相同。再次注意：可能会卡。
节点设定
点击【窗口】-【外观】-【节点】-大小-数值设定，选择渲染方式为 度，设置节点大小的 最大尺寸和最小尺寸（此处分别为20和70），点击 应用。颜色设置也在外观节点中，设置渲染方式为Modularity Class注意红色方框里内容，从左到右依次为：颜色、大小，标签颜色、标签尺寸。
边设定
在【外观】中选择【边】Partition 渲染方式选择pn即知识兔数据中相关性标签；Ranking选择【度】。如下：
预览修饰
点击预览，修改如下图红色方框选项，在 预览设置 面板对网络图进行输出前的最后修饰。
边框宽度：设为0.0，不显示节点边框。
显示标签：打勾，显示节点标签。
字体：此处修改为 Times New Roman 23号 加粗
缩短标签：打勾，不然标签会过长导致相互覆盖。
厚度：根据显示需要修改边线厚度，此处改为5。
重新调整权重：打勾，根据边线权重显示不同厚度。
另外的选项可根据需要自行调整。在之前的设置中也可以通过预览来查看效果，一步一步调整。
图像导出
Gephi 支持多种格式的输出：SVG、PNG、PDF、gexf图文件等。
节点：相同颜色是同一个门；节点大小表示连接度；
边：红色正相关，蓝色负相关（spearman），粗细表示相关系数绝对值大小；
导出的矢量图可用AI等图形编辑软件进一步修改，图形文件也可以用脚本来处理，图个性化地添加图例等。图文件也是一种标签语言。
Gephi 常见问题
为什么我java装好了，gephi也装好了，可还是打不开gephi？
可以检查一下自己JDK的版本，这款软件最低要求版本需要JDK8。
gephi中的选择一个流程为什么没有geo layout?
工具-插件-可用插件-找到Geo layout,然后重启软件，就可以了。
Gephi除了支持基本的网络图形分析，还可以通过插件扩展其功能，例如社区发现、节点聚类、网络博弈等。用户可以根据自己的需求灵活配置和使用这些插件，进行更深层次的网络分析。
总之，Gephi是一款功能强大、易于使用的网络分析和可视化工具，可以帮助用户更好地理解和利用网络数据，从而做出更加准确、有用的分析和决策。
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